Vorträge über Nietzsche, Versuch einer Wiedergabe seiner Gedanken, Göttingen 1900
Das klassische Ideal, Reden und Aufsätze (mit August Horneffer), Leipzig 1906
Nietzsche-Vorträge, Erweiterte Ausgabe, Leipzig 1908
Jesus im Lichte der Gegenwart, Leipzig 1910, Jena 1912
Erkenntnis, Kassel 1920
Wege zum Leben, Leipzig 1923
Am Webstuhl der Zeit. Religiöse Reden, 2.Aufl. Leipzig 1923
Die große Wunde, Psychologische Betrachtungen zum Verhältnis von Kapital und Arbeit. München und Berlin 1923
Drei Wege, Ideen zur deutschen Politik. München 1924
Frevel am Volk, Gedanken zur deutschen Sozialpolitik, Leipzig 1929
Der Hunger kommt, Ein Mahnruf, Leipzig 1930
Der Sozialismus und der Todeskampf der deutschen Wirtschaft, Leipzig 1931
Goethe als Künder des Lebens, München 1947
Das Freimaurertum und die Religion der Arbeit, Düsseldorf 1949
Angewandte Ethik, Eine Pflichtenlehre der Gegenwart, der Jugend gewidmet, Bielefeld 1951
Gesprochen von der Säule der Weisheit, Frankfurt/Main 1954
Kant und der Gottesgedanke, Eine Interpretation. Mit einem Vorwort von Thomas Mittmann. Hrsg. von Klaus Horneffer, Hildesheim 2010
Kritik des Christentums. Nach der Beabeitung von Martha Horneffer aus dem Nachlass hrsg. von Klaus Horneffer. Ritterhude 2020
Philosophie an der Zeitenwende. Nach der Bearbeitung von August und Martha Horneffer hrsg. von Klaus Horneffer. Ritterhude 2020
vgl. auch Biographisch-Bibliographisches Kirchenlexikon Verlag Traugott Bautz GmbH. Band XXI (2003) Spalten 668-681: Ernst Horneffer. Autor: Thomas Mittmann